RENACIMIENTO E HIATO: VOL.3:(THE SUBLIMINAL VERSES) , 9.0 LIVE Y OTROS PROYECTOS (2003-2007)

Renacimiento e hiato: Vol. 3: (The Subliminal Verses), 9.0 Live y otros proyectos (2003-2007)
A finales del 2003 la banda comenzó a escribir y grabar con su nuevo productor Rick Rubin, quien antes había trabajado con Johnny Cash, System of a Down, Red Hot Chili Peppers, Valkiria, The Cult y Slayer. La banda lanzó el tercer álbum Vol 3: The Subliminal Verses el 24 de mayo de 2004. Alcanzó el número 2 en el Billboard 200 y obtuvo buenas críticas. Johnny Loftus de Allmusic, dijo sobre él: "una satisfacción, el trabajo más cuidado (de la banda) hasta la fecha" y Robert Cherry de Rolling Stone afirmó: "experimentaron incluso con más nuevos extremos, y en Slipknot, se incorporan como estructuras tradicionales". En el 2004, la banda participa del Ozzfest por tercera vez, y hacen su primera presentación en el Download Festival. En dicho festival, Jordison, reemplazó en la batería a Lars Ulrich de Metallica, que fue llevado de urgencia al hospital. Durante el 2005, se presentaron sin Crahan, que estaba apoyando a su esposa durante una enfermedad.
El 1 de noviembre de 2005, lanzaron su primer álbum en vivo 9.0 Live, que alcanzó el número 17 en el Billboard 200. Incluía grabaciones hechas en Phoenix, Las Vegas, Osaka, Singapur y Tokio. En el 2006, la banda ganó su primer y único Grammy, para "Mejor presentación de Metal" con "Before I Forget". Al final de ese año, Slipknot publicó su tercer DVD, titulado Voliminal: Inside the Nine.
Varios miembros de la banda colaboraron en el CD "Roadrunner United: The All-Star Sessions" que se lanzó en octubre de 2005. Para este trabajo, Jordison tomó el papel de "capitán de equipo". Root, Taylor y Gray, también ayudaron en el álbum. Durante el 2006, Corey Taylor y James Root, regresaron nuevamente a Stone Sour, para lanzar su disco Come What (ever) May.Joey Jordison tocó en algunas como Ministry (2006) y Korn (2007). También produjo el disco Fire Up the Blades de la banda 3 Inches of Blood, que fue lanzado a principios del 2007. Durante el 2007, Shawn Crahan mostró su nuevo proyecto personal, llamado Dirty Little Rabbits.[65] Corey Taylor dijo en una entrevista para VH1 que se tomarían un descanso hasta el 2008, para retomar sus proyectos personales.